Tübingen:
Die Geschichtswerkstatt Tübingen arbeitet häufig eng mit dem Fachbereich Kunst und Kultur der Universitätsstadt Tübingen zusammen, so zum Beispiel bei der jährlichen Gedenkstunde am 9. November oder beim Geschichtspfad zum Nationalsozialismus. Die Universitätsstadt Tübingen unterstützt außerdem die Geschichtswerkstatt mit einer jährlichen Vereinsförderung sowie Projekt gebundenen Mitteln.
Die Geschichtswerkstatt kooperiert darüber hinaus mit anderen ehrenamtlichen Initiativen in Tübingen wie dem Verein für ein Lern- und Dokumentationszentrum zum Nationalsozialismus e.V. oder dem Förderverein für jüdische Kultur in Tübingen e.V. Ein weiter lokaler Kooperationspartner ist die VHS Tübingen.
Regional:
Die Geschichtswerkstatt Tübingen e.V. ist Mitglied des Gedenkstättenverbunds Gäu-Neckar-Alb e.V., einem Zusammenschluss von 13 Gedenkinitiativen zwischen Tübingen und Rottweil, Horb und Albstadt.
Baden-Württemberg:
Die Geschichtswerkstatt Tübingen e.V. ist Mitglied in der Landesarbeitsgemeinschaft der Gedenkstätten und Gedenkstätteninitiativen. Über den Fachbereich Gedenkstättenarbeit der Landeszentrale für politische Bildung Baden-Württemberg erhält die Geschichtswerkstatt jährliche sowie Projekt bezogene Förderungen.
Kooperationen
Die Geschichtswerkstatt kooperiert mit zahlreichen anderen Gedenkinitiativen und Institutionen.